Modele de la molecule

18 Fév 2019

Notez que dans certains cas, le modèle 3D résolu n`est qu`une approche de la molécule réelle, cela signifie que vous devez exécuter une minimisation de l`énergie afin de faire des mesures fiables. La liste inclut les attributs du modèle de molécule et les attributs sélectionnés de ses atomes de composants, de ses liaisons et de ses résidus. Les descriptions dans la boîte de dialogue ne sont pas nécessairement identiques aux noms d`attribut (utilisés dans le code et dans diverses commandes). Deux suites logicielles avec des champs de force associés, Amber et CHARMM, ont été produites pour la première fois dans les années 1980, mais sont encore en cours de développement et sont très largement utilisées aujourd`hui. Amber est un acronyme pour le bâtiment assisté de modèle avec le raffinement énergétique, et se prête plaisamment facilement aux jeux de mots tels que «les bugs dans Amber ont magiquement disparu». Le programme a débuté dans le laboratoire de feu Peter Kollman, un pionnier dans la dynamique moléculaire et la chimie computationnelle basée à l`Université de Californie, San Francisco, États-Unis. «Les développeurs ont délibérément gardé Amber assez difficile à utiliser, encourageant les utilisateurs à faire une partie de leur propre codage. Ils voulaient, et veulent toujours, décourager les utilisateurs de traiter le programme comme une boîte noire», dit Ross Walker, un développeur Amber à San Diego Supercomputer Center aux États-Unis. De nombreuses simulations moléculaires sont toujours basées sur les lois du mouvement de Newton. Dans cette approche de la mécanique moléculaire-qui est si approximative qu`il est surprenant qu`il produit de bons résultats à tous-chaque atome est modélisé comme une simple masse ponctuelle, et les liaisons covalentes entre les atomes comme des ressorts d`une longueur donnée et la souplesse. Cela dépend de la disponibilité de descriptions exactes de la géométrie des molécules «réelles», utilisées pour dériver les valeurs moyennes qui sont utilisées pour déterminer, par exemple, les tailles des masses et des longueurs des ressorts. Un ensemble cohérent de paramètres pour les types d`atomes sélectionnés est appelé champ de force. La plupart des champs de force dépendent de la distance, ce qui rend l`expression la plus commode pour ces coordonnées cartésiennes.

Pourtant, la nature comparativement rigide des liaisons qui se produisent entre des atomes spécifiques, et en substance, définit ce qui est signifié par la molécule de désignation, font un système de coordonnées interne la représentation la plus logique.

Array ( )